مهندسی پروتئین
| انجام مهندسي پروتئين به منظور افزايش پايداري، از نظر پروسه آزمايشگاهي کار چندان پيچيده اي نيست و امروزه با ورود کيت و روش هاي جديد، انجام آن آسان و سريعتر شده است. بخش نسبتا پيچيده اين کار مربوط به طراحي و عمليات فکري قبل از شروع مراحل آزمايشگاهي است. |  |
بيوانفورماتيک و روش هاي محاسباتي (Computational methods) ابزار هايي بسيار قدرتمند در پروسه مهندسي منطقي پروتئين (Rational protein engineering) هستند. درست است که اين روش ها الزاما بهترين راه حل را ارائه نمي کنند اما در اغلب موارد با بهره گيري از آنها مي توان شانس موفقيت خود را افزايش داده و از صرف وقت و هزينه مربوط به ساخت و غربالگري موتانت هايي که با روش هاي تصادفي (Random mutagenesis) ايجاد شده اند جلوگيري کرد.
اغلب نرم افزار هاي مورد استفاده براي اين منظور يا گران قيمت هستند و يا در صورت رايگان بودن، اجرا و استفاده از آنها کار چندان ساده اي نبوده و نياز به مشورت با افراد آگاه دارند.
شرکت پرشين بيوانفورماتيک با در اختيار داشتن جديد ترين و قويترين نرم افزار هاي روز دنيا آماده ارائه مشاوره در پروژه هاي مرتبط با مهندسي پروتئين و به خصوص افزايش پايداري آنها مي باشد:
- تعويض اسيد آمينه مورد نظر با هر اسيد آمينه دلخواه و تخمين افزايش يا کاهش پايداري و يا قدرت اتصال (Afinity) در کمپلکس پروتئيني.
- تخمين اهميت اسيد آمينه هاي يک پروتئين در ميزان پايداري و همينطور در قدرت اتصال کمپلکس هاي پروتئيني به صورت کمي با روش In silico alanin scanning
- يافتن اتوماتيک مناسب ترين موتاسيون ها در يک ناحيه مشخص با استفاده از الگوريتم ژنتيکي و مونت کارلو به منظور افزايش پايداري
- پيشنهاد جايگاه هاي مناسب (از نظر فضايي و انرژتيک) براي وارد کردن باندهاي دي سولفيدي
- تغيير در pka يک اسيد آمينه مشخص با ايجاد موتاسيون در اسيد امينه هاي مجاور (پايداری وابسته به PH)
